По некоторым данным, деревянная церковь на этом месте стояла еще в 1470 году и была упомянута в летописи в связи с Московским пожаром 21 июля 1547 года. Однако, по достоверным документальным источникам, строительство церкви началось в 1624 и закончилось в 1626 году. В 1709 году монастырь упразднили в приходе жила семья генерала Василия Суворова, который, вероятно, здесь же и был похоронен. Храм сильно пострадал в Московском пожаре 1812 года, но в том же году его восстановили, сделав некоторые переделки: переложили своды, в трапезной вместо сводов установили потолочные перекрытия, добавили две колонны в расширенную арку трапезной, из пяти глав оставили только одну. С 1865 по 1873 год храм вновь подвергается значительной перестройке, в результате которой от изначального здания остается только шатровая колокольня. В 1922 году храм закрывают, в его здании размещают ВНИИ жиров Министерства пищевой промышленности СССР, главы снесены, здание лишилось всей декоративной отделки. Уникальную для Москвы колокольню почти целиком сносят в 1937 году, остаётся только подклет, из которого делают торговую палатку. В 1960 году было выдвинуто предложение о реставрации здания и размещении в нём музея жившего неподалёку Александра Суворова, однако работы начались только в 1980 году и продлились до 1990 года. В 1991 году здание передано Русской православной церкви и в нём возобновлены богослужения.